药物设计和虚拟筛选依赖化学信息学和生物信息学中大量的靶点、小分子以及靶点-小分子相互作用星系。从大量的有机化合物中有效地遴选出可能有候选化合物 避免了对化合物盲目地活性筛选 从而降低了发现活性先导化合物的人力、时间和财力成本。本文简单介绍一些药物设计和虚拟筛选设计的分子库。

Virtual Screening protocol

非商业数据库

ZINC   点击打开链接ZINC15

ZINC库有2个版本 12版和15版 ZINC相比其它数据库的优点提供了经过商业软件OpenEye生成的化合物3D结构。12版属于老版本长时间没有更新 15版属于新版里面bug很多 所以不建议使用。

PubChem  点击打开链接

PubChem 即有机小分子生物活性数据 是一种化学模组的数据库 由美国国家健康研究院 US National Institutesof Health NIH 支持 美国国家生物技术信息中心负责维护。

DrugBank  点击打开链接

DrugBank数据库是一种独特的生物信息学和化学信息资源 将详细的药物数据与综合药物靶标信息相结合。该数据库包括FDA批准的2037个小分子药物 241个FDA批准的生物技术 蛋白质/肽 药物 96个营养药物和超过6000个实验药物。此外 4661非冗余蛋白 序列与这些药物条目相关联。其中一半信息用于药物/化学数据 另一半用于药物靶标或蛋白质数据。

ChEMBL  点击打开链接

ChEMBL数据库提供很多种具有药物靶标的生物活性化合物的综合信息 相关数据也提供下载。

ChemDB  点击打开链接

一种含有500万种化学物质的数据库 其中包含化学物质的信息、包括预测或实验确定的物理化学性质 如3D结构 熔融温度和溶解度等。分子库提供免费下载。

HMDB 点击打开链接

HMDB数据库包含人体内发现的小分子代谢物的详细信息的数据库 提供相关蛋白、基因和代谢物分子结构免费下载。

BindingDB  点击打开链接

BindingDB是一种公开的、易于访问的网络数据库。主要集中于药物靶标的蛋白质与小的药物样分子的相互作用。BindingDB包含1,386,772个结合数据 7,256个蛋白质靶标和619,208个小分子。

SMPDB  点击打开链接

SMPDB 小分子途径数据库 是一个交互式的可视化数据库 包含了人类发现的618多个小分子途径。 

SMPDB专门设计用于支持代谢组学 转录组学 蛋白质组学和系统生物学中的途径阐明和途径发现。

常用平台数据库

1 筛选化合物库分类 多样性化合物库、上市药物分子库、已知活性库、靶点化合物库、天然产物库、片段库、PPI库等不同分类的化合物库。

2 常用平台化合物库 Asinex、BIONET、Chembridge 、Chemdiv、eMolecules、Enamine、Infarmatik、Lifechemicals、Maybridge、Selleck、Specs、Targetmol、Vitas等

3 常用平台化合物库介绍

A.   Asinex 提供各种分类的分子库 可以下载2D结构SDF格式分子库处理之后进行筛选。

B.   BIONET 提供各种化学中间体产品以及各种筛选库 网站注册后提供2D结构SDF分子库文件下载。

C.   ChemBridge 拥有超过100万种小分子 提供2D结构SDF分子库文件下载 可以自己下载处理后进行筛选。

D.   ChemDiv 全球最大的化合物库供应商 客户分布在六大洲。超过1500个单位 来自于知名的制药 生物技术、农业公司和许多著名大学等。针对多重筛选计划 提供药筛库的建立、仓储、管理及IT支持、标准格式等多层次的服务和咨询建议。包括计算分析和专业评估潜在的生物活性 ADME /TOX参数 结构的多样性 新颖性以及先导物/药物的类似性。注册之后提供相关库2D结构SDF分子库文件下载。

E.   eMolecules 免费提供化合物库2D结构SDF分子库文件下载。

F.    Enamine 1000万以上相关化合物 多样性也不错 包括各种靶点库、片段库和多样性库等。大多数库能够免费下载2D结构SDF格式分子库文件 部分需要索取。

G.   LifeChemicals 分子库 需要注册后才能下载。几十万种分子 分子质量可以

H.   MayBridge 提供GPCR、离子通道、激酶、片段和PPI库下载 分子库质量可以 推荐。

I.    Specs 20多万种分子 价格最便宜 最早进入中国市场 已经被各大研究单位无数次的反复筛选过 手头有Specs化合物库的人很多。

J.   TargetMol 陶素生化 TagerMol中国 为美国Target Molecule Corp. ( Target Mol) 在上海建立的全资子公司。虚拟筛选到实体化合物分子供应等业务 相关分子库需要联系他们获得2D结构SDF分子库文件 处理之后可用于虚拟筛选 筛到的化合物也方便购买。

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。 2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、C币套餐、付费专栏及课程。